定期清理化糞池就如同人體保養，不論是公、私立學校、機關或一般家戶，均應每年清除化糞池1至2次，方可維持化糞池的正常運作與降低生活污水污染河川，提升民眾生活品質。

依據「建築物污水處理設施建造、清理及管理規定」，建築物污水處理設施之所有人、使用人或管理人，應依建築物污水處理設施設計功能定期執行管理及清理，其設計功能不明者，應每年至少管理及清理1至2次。而環保署委託研究顯示，化糞池

每半年定期清理1次，處理效率可以達到51%；一年1次，處理效率可以達到28%；如不清理，處理效率只有3%，進而影響排放水質造成環境污染。長期未清理化糞池除了會造成管道阻塞外，化糞池內污泥的固化亦會增加化糞池的清理難度。

花蓮縣環境保護局表示，目前花蓮縣全縣下水道接管率約為38%，部分未接設污水下水道之區域仍使用傳統化糞池處理家戶廢水，為提升化糞池廢水處理效益，提升家戶生活污水排放水質，民眾應定期進行化糞池清理，以維護環境水質健康。