花蓮縣環保局為維護河川水質，每季均針對轄內之秀姑巒溪、花蓮溪、立霧溪、吉安溪及美崙溪等河川進行例行性之水質檢測，同時針對各流域之列管事業進行稽(巡)查與放流水檢測，以確保轄內水體品質無污染之虞。
   為提升花蓮縣觀光旅遊遊憩品質，維護花蓮河川水體水質是不可或缺的條件，環保署與環保局定期針對轄內河川水質進行採樣調查，目前花蓮轄內主要河川排除因自然環境所造成的懸浮固體影響外，水質多屬未受污染之狀態，環保局為進一步降低各類污水排放，每年均辦理20場次以上的生活污水減量宣導，推動家戶與攤商油水分離以及生活污水減量、水肥定期清理及無磷清潔劑使用宣導，今年至目前為止更設置10處「無磷」環保洗衣精之自助販售站供民眾購買，針對列管事業則進行巡查與水體採樣，針對畜牧業則推動沼氣發電，畜牧澆灌及魚菜共生等作為，另外今年加入生力軍，針對常遭陳情區域與有污染排放疑慮之區域設置24小時水質連續監測設備，運用科技執法掌控全天水質狀況。
   環保局表示，在嚴格管控河川水質的狀況下，過去污染區域的狀況也逐漸改善，且縣政府也於縣內規劃多項親水遊憩措施與景觀步道，轄內河川整體而言屬狀況良好，希望民眾能一起做好生活污水減量，共同提升花蓮河川的美好環境。